台南市五年前推出名為赤崁曙光的「赤崁文化園區新建工程」，將赤嵌樓和成功國小周邊整體規劃，包括重建成功國小、興建赤嵌樓下沉式博物館及地下停車場、旅客中心等。
進行中挖出發現大面積的考古遺跡，包括清代與日治時期的建物地基、古井，另有史前灰坑，是台南近年發現最大面積的舊聚落紋理，令文化界驚豔。
但隨著大量遺構出土，文史團體呼籲現地保留或重現，導致計畫不斷修改，工程也一度延宕停擺。
經古蹟審議委員現勘審查，將遺構分為三級，現地保留荷治、明鄭及清朝官署和民間聚落，停車場部分區域為二戰後物件則可挖掘，地下停車場將進行變更設計，下沉式博物館確定不蓋，原縣署部分將先回填。
「台南四百年文化資產場域再現計畫」，獲得中央補助「文化資產場域再現計畫」四一一萬元，將針對普羅民遮城東北側，疑似台灣縣署範圍進行試堀調查，並對普羅民遮城原始稜堡型制進行調研，發掘重構場域的歷史脈絡。
赤崁文化園區改造工程包括北區成功國小校舍、地下停車場及遊客服務中心，根據台南考古中心發掘調查，原赤崁樓停車場位置發現的遺構面積約50x80公尺，包括有房屋基礎、溝渠、明治公學校的圍牆等，年代最早的為清代晚期以前，一直到日治時代及二戰時期。
挖掘過程中，挖出如日治台南明治公學校基礎構造物、清領赤嵌樓民居聚落及街道基礎，古地圖上的「范進士街」赫然出土，根據一八七五年的〈台灣府城街道圖〉、1807年〈續修台灣縣志〉推估基地及縣署建築配置和外觀，除台灣縣署考古發掘並探索荷治時期普羅民遮城遺構，從基地從荷治、跨越明鄭清治直至現今約四百年，完整展現豐富的歷史記憶及脈絡。
每個遺址都是唯一的，其發展有地域上的關係或理由，400年來，荷蘭人、漢人、日人、平埔族人在這裡活動，一直到現在，遺址有它的特殊性及意義，從建築方式不一樣，可以知道這一區當時老百姓生活的發展。
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