台南市議會總質詢時，有議員提及若由台鐵沙崙線從高鐵站到南科站，平均要花到45分鐘的時間，最多還可以能要52分鐘。
對此，台鐵表示將在10月前提出對沙崙往返台南、永康的班次延駛南科的計畫，而直達車也將在年底進行調整與評估。
而交通局也已經啟動台南市新市至善化地區鐵路立體化可行性案，將在年底提出期中報告。包含了計畫範圍內之平交道、車站、路段的各種改善評估方案。也同時將擴建南科站納入評估內容評估。
網路與鄉民熱議：「即使有直達，商務人士應該搭計程車佔多數吧。」、「當年如果選址永康新化之間不知道有多好」、「新市直接設台南高鐵二站」、「開高速快的話才半小時而已」、「南科搭火車去新營轉高鐵太保站時間也差不多」
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